長期優良住宅の申請費用は実費6〜8万円｜代行費と戻る額を1枚で比較

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子どもが寝たあとのリビングで、2社の見積書を並べている。片方に「長期優良申請費 一式」とあって、20万円を超えている。これ、高いの？ 普通なの？ と手が止まった方へ。

この記事でわかること

• 申請費用のうち「役所と審査機関に払うお金」と「書類づくりの代金」の境目
• ハウスメーカーハウスメーカー全国や広い地域で、自社の決まった仕様の家を建てる会社。住宅展示場にモデルハウスを持っていることが多いです。に任せる場合と、自分で設計者に頼む場合の違い
• 住宅ローン控除住宅ローン控除住宅ローンを組んで家を買うと、年末のローン残高に応じて、所得税などが一定の期間安くなる制度です。・補助金・税の軽減で、だいたいいくら戻るか

この記事の目次

1. 長期優良住宅の申請費用はいくら？実費は約6〜8万円
2. 役所の手数料は住んでいる場所でどれくらい違う？
3. ハウスメーカーに任せる？自分で設計者に頼む？
4. 払った申請費は戻ってくる？1枚の表で比べる
5. 補助金の予約は11月16日まで。申請は着工前に
6. Q. 長期優良住宅の申請費用の相場はいくらですか？
7. Q. 確認書なしで役所に直接申請すると安くなりますか？
8. Q. 子どもがいない夫婦でも長期優良住宅の補助金は出ますか？
9. Q. 住宅ローンを使わない場合、長期優良住宅の税の優遇はありますか？
10. まとめ

あこの記事に出てくる言葉 4個・押すと意味が出ます

本文の点線の言葉こんなふうに押すと、ここに意味が出ます。も、押すと意味が出ます。

• ハウスメーカー全国や広い地域で、自社の決まった仕様の家を建てる会社。住宅展示場にモデルハウスを持っていることが多いです。
• フラット35住宅金融支援機構と銀行が組んで出している、35年間ずっと金利が変わらない住宅ローンです。
• 住宅ローン控除住宅ローンを組んで家を買うと、年末のローン残高に応じて、所得税などが一定の期間安くなる制度です。
• 間取り部屋の数や配置のこと。「3LDK」は、部屋3つ＋リビング・ダイニング・キッチン、という意味です。

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長期優良住宅の申請費用はいくら？実費は約6〜8万円

見積書の申請費は、払う相手で3つに分かれます。公的な価格が決まっていないのは「代行費」だけです。

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役所の手数料と審査料を足すと、約6〜8万円になります。見積りが20万円でも50万円でも、ここはほとんど動きません。

差がつくのは代行費の部分。構造の計算、省エネの計算、図面づくりの手間が入っています。高いか安いかは、内訳を見てから決めればいい。私はそう考えています。比べる材料がないと、どの数字も判断できないからです。

「長期優良住宅の申請費用一式で50万円でした。 検索しているとかなり高いと感じるのですが、皆様どうでしたか？」

Yahoo!知恵袋の質問（2024年11月）

「フラット３５申請費用も入れて30万円です。 フラット３５は中間検査が入るので使いました。」

Yahoo!知恵袋の回答（2024年11月）

金額だけ並べても、中に何が入っているかで意味が変わります。2つ目の声のように、フラット35フラット35住宅金融支援機構と銀行が組んで出している、35年間ずっと金利が変わらない住宅ローンです。（住宅金融支援機構と銀行が組む、35年固定金利のローン）の申請費が一緒に入っていることもあるんです。

要するに、実費は6〜8万円。残りが代行費で、見積りで分けてもらえば比べられます。

役所の手数料は住んでいる場所でどれくらい違う？

数千円から2万円弱です。確認書等を付けて出す場合の話で、付けないと一気に上がります。

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※各自治体の公式ページ（2026年10月30日確認）。手数料は改定されることがあります。

確認書等とは、登録住宅性能評価機関が出す「確認書」か、長期使用構造等の確認結果が書かれた住宅性能評価書のこと。これを付けると、役所の手数料は数分の1になります。

そうはなりません。群馬県だと確認書なしは71,000円で、審査機関に払うお金とあまり変わらないんです。

浜松市は、確認書等を付けた場合、申請から通知まで最大2週間程度としています。ふつうは評価機関を通します。

評価機関の審査料は、会社ごとに公表されています。

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住宅性能評価（家の性能を第三者が等級で示す仕組み）を一緒に取るなら、長期優良の分は数千円の上乗せで済みます。たとえば住宅性能評価センターの設計住宅性能評価は、木造・電子申請で基本44,000円です。

確認書を付けて出すのがいちばん安い道。役所の手数料は数千円〜2万円弱です。

ハウスメーカーに任せる？自分で設計者に頼む？

窓口を一つにしたいなら住宅会社、内訳を一つずつ見たいなら設計者に直接。そう選べば迷いません。

形のうえでは、申請するのは建築主（あなた）なので自分でも出せます。ただ、構造や省エネの計算書と図面は設計者が作るもの。現実には「代行費を誰に払うか」の選び方になります。

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ハウスメーカー（全国や広い地域で家を建てる大きな住宅会社）では、申請を建築確認などの手続きと一緒に進めることがあります。進め方は会社ごとに違うので、まずはその会社のやり方を聞くのが早道です。

「高くないと思うな。申請料もかかるし 構造計算も省エネ計算もするし。 私は申請する人だけど安かったら断るよ＾＾」

Yahoo!知恵袋の回答（2024年11月）

申請する側から見ると、お金の中心は計算と書類づくり。調べた側の判断としては、初めての家づくりなら住宅会社に任せるほうが合う人が多いと見ています。申請が着工前に間に合わないと、認定そのものを受けられないからです。

任せるか自分で頼むかは、「手間」と「内訳の見えやすさ」のどちらを取るかです。

払った申請費は戻ってくる？1枚の表で比べる

この章を開く（約3分）戻る額の目安戻る額の目安（例）¥補助金75万円固定資産税約10万円控除の差約7万円登録免許税数千円…

子育て世帯で借入5,000万円なら、戻る額の合計は90万円前後です（下の条件での試算）。いちばん大きいのは補助金で、ローン控除の差は思ったより小さくなります。

試算の条件：5〜8地域で、ZEH水準（国の省エネ基準より一段高い断熱・省エネ性能）の家と比べた場合。1年目の年末のローン残高は借入額より約100万円少ない額（借入5,000万円なら4,900万円、4,000万円なら3,900万円）とし、その後も毎年およそ100万円ずつ減ると仮定しました。控除の差は、残高が枠の境目を超えた分（400・300・200・100万円）×0.7%で出しています。1年目の残高を借入額と同じとみると、差は約10.5万円になります。建物の固定資産税は年10万円、建物の評価額は1,500万円と置いています。

項目（試算）	子育て世帯・借入5,000万円	40代夫婦（子どもなし）・借入4,000万円
みらいエコ補助金	75万円	対象外
ローン控除の差（上の残高の仮定での試算）	約7万円（4年ほど）	約7万円（4年ほど）
固定資産税（半額が2年延長）	約10万円	約10万円
登録免許税（0.15%→0.1%）	約7,500円	約7,500円
払う申請費（住宅会社の目安）	20〜30万円前後	20〜30万円前後

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※補助金は国土交通省のみらいエコ住宅2026事業、税は国税庁・国土交通省の公表内容（2026年10月時点）を加工して作成。性能を上げるための工事費の増加は含みません。

住宅ローン控除（年末のローン残高の0.7%が、所得税などから13年間戻る制度）の枠は、長期優良住宅だと大きく見えます。けれど差が出るのは、残高が枠の境目を超えている年の、超えた部分だけ。

子育て世帯で借入4,500万円なら、境目（ZEH水準の上限4,500万円）を超えないので差はゼロです。控除は、払った所得税と住民税の範囲でしか戻りません。くわしい計算は税務署や税理士に確かめると安心です。

「認定長期優良住宅にするとお金がかかるけれど、補助や優遇で結構返ってくるのです。」

Yahoo!知恵袋の回答（2023年1月）

補助の対象でない世帯は、税の軽減だけだと20万円前後。申請費とほぼ同じくらいです。この場合は、火災保険の割引や、家を長く手入れしながら住む計画まで含めて考えると決めやすくなります。

「火災保険も長期優良住宅だと割引きがありますよ。 あと万が一ですが、家を売りに出す場合も、評価が上がるかもしれません。」

Yahoo!知恵袋の回答（2018年4月）

認定を取ったあとは、決めた計画どおりに点検と手入れを続けます。その費用も、取る前に見ておきたいところです。

「自分でやるなら無料ですが、屋根等の高所は自分で見れないので、業者に頼むなら5万円程度かかると思います。」

Yahoo!知恵袋の回答（2023年1月）

点検の時期と費用は、契約前に住宅会社の点検の仕組みと照らし合わせておくといいですよ。無料点検の範囲に入っていることもあります。

要するに、子育て・若者夫婦世帯は補助金で元が取りやすく、それ以外の世帯は税の軽減だけで試算して決めます。

補助金の予約は11月16日まで。申請は着工前に

着工したあとでは、長期優良住宅の認定は受けられません。東京都は「工事着工前に所管行政庁へ申請する必要があります」と案内しています。浜松市も、申請を受け付けたあとでなければ着工できないとしています。

流れは、評価機関の事前審査で確認書等をもらう → 所管行政庁に認定申請 → 着工 → 完成後に建築士の確認を受けて完了報告、の順です。

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※国土交通省の事業概要ページ（2026年10月30日確認）。長期優良住宅は建て替え前の家を壊す場合に20万円の加算あり。

みらいエコ住宅2026事業は国の補助金で、長期優良住宅の区分は子育て世帯か若者夫婦世帯が対象です。予約は2026年11月16日まで、交付申請は2026年12月31日まで。ただし予算の上限に達した時点で締め切られます。2026年10月30日0時時点の予算執行率は42%でした。

なお、ZEH水準住宅の注文住宅は予約が8月17日で締め切られています。今から予約するなら、長期優良住宅かGX志向型住宅の区分になります。

来年度の事業がどうなるかは、まだ公表されていません。年内に予約できない場合は、国土交通省の発表を待って、住宅会社と一緒に確認するのが確実です。

申請は着工前、補助金の予約は11月16日まで。この2つの日付だけは先に押さえます。

よくある質問

Q. 長期優良住宅の申請費用の相場はいくらですか？

A. 役所の手数料と評価機関の審査料を足した実費は約6〜8万円です（2026年10月時点の公表額）。住宅会社の見積りが20〜30万円前後になるのは、計算や書類づくりの代行費が加わるためです。

Q. 確認書なしで役所に直接申請すると安くなりますか？

A. 安くなりません。役所の手数料が東京都52,000円、群馬県71,000円（200㎡以下）などに上がります（2026年10月時点）。評価機関の審査料と比べても、ほとんど差が出ません。

Q. 子どもがいない夫婦でも長期優良住宅の補助金は出ますか？

A. 夫婦のどちらかが39歳以下（2025年4月1日時点）なら、若者夫婦世帯として対象です。2人とも40歳以上で子どもがいない場合、長期優良住宅の区分は対象になりません。

Q. 住宅ローンを使わない場合、長期優良住宅の税の優遇はありますか？

A. あります。認定住宅を新築して2026〜2028年に入居すると、投資型減税で最大65万円が所得税から引かれます。住宅ローン控除とは一緒に使えません。

まとめ

• 長期優良住宅の申請費用のうち、役所と評価機関に払う実費は約6〜8万円（2026年10月時点）です。
• 見積りの20〜50万円との差は、計算と書類づくりの代行費で、公的な価格はありません。
• 住宅ローン控除の枠の差で戻る額は、借入額しだいで数万円ほどにとどまります。
• 子育て世帯・若者夫婦世帯は、みらいエコ住宅2026事業の補助金75〜80万円で申請費を回収しやすくなります。
• 認定申請は着工前、補助金の予約は2026年11月16日までです。

次にやること

① 見積書の申請費を「役所の手数料・審査料・代行費」に分けて出してもらう
② 自分の借入額と世帯区分を、上の表に当てはめて戻る額を出す
③ 営業担当に「認定申請日」と「補助金の予約日」を日付で聞く